De Stichting Diogenes werd in 1960 opgericht door kunstenaar en monumentenbeschermer Geurt Brinkgreve (1917-2005). De stichting werd genoemd naar de Griekse wijsgeer Diogenes van Sinope, die volgens de overlevering in een ton woonde. De stichting had namelijk een ton nodig, 100.000 gulden, als startkapitaal.

Het doel van de stichting was bij te dragen aan het herstel van de Amsterdamse binnenstad, die in die tijd nog erg vervallen was. De oprichters wilden dat doen door verkrotte panden aan te kopen, te restaureren en bewoonbaar te maken. In die tijd wilden alleen nog kunstenaars in de binnenstad wonen. Om die reden verhuurde de stichting haar panden aan kunstenaars. Mede dankzij het werk van restaurerende instellingen als de in het Aalsmeerder Veerhuis gevestigde instellingen, zoals de Stichting Diogenes, en vooral ook de NV Stadsherstel, opgericht in 1956, werd de Amsterdamse binnenstad gerestaureerd en gered van de slopershamer.

De stichting levert tegenwoordig nog steeds een bijdrage aan het behoud van de woonfunctie in de binnenstad. Dat is tot de dag van vandaag zo gebleven!

De stichting heeft de culturele ANBI-status.